El problema radica en el NIvel de Seguridad que tiene Implementado el Servidor WEB junto con PHP, lo que enjaula o evita que se ejecuten programas a tipo linea de comandos...
Comunmente ningun proveedor de hosting te habilitara estas opciones por lo que debes de buscar otras alternativas, de las cuales muchas estan en el mismo PHP..
Si por el contrario se trata de un servidor propio Linux, entonces debes de accesar al archivo php.ini y debes de habilitarle que se ejecuten comandos con la instruccion ssh_exe, exec, system..
Saludos..